Подвесной мотор F100A появился на рынке в августе 1998 года, когда в США уже действовал закон, регулирующий выбросы на лодочных двигателях. По сути, это был «ответ» Yamaha на новые требования к продукции.

Мотор можно смело называть продуктом нового поколения. 4-тактный 16-клапанный двигатель с компьютерной регулировкой зажигания быстро стал популярен на рынке — компания предлагала несколько вариантов компоновки мотора, и он подходил как для легких катеров, так и для тяжелых барж и понтонов. В последствии мотор стал «базой» для более мощных моделей — например, F225.

После исслелования результатов продаж и положения на рынке компания представила новый мотор — Z200N. Мировая премьера новинки состоялась в октябре 1999 года, и это был первый в мире двухтактный мотор на 200 л.с. с технологией прямого впрыска (HPDI). Технология позволила уменьшить выбросы углеводородов и оксидов азота на 30% и сделать мотор на 30% экономичнее по сравнению с предыдущими моделями. За инновации Z200N удостоился награды на выставке IMTEC.